发酵液喷雾干燥设备系统的部件及操作，要避免不同形式的污染。用耐温的空气过滤器（空气为干燥介质）、没有被污染的雾化及粉体排卸系统组合起来，组成没有菌的系统。设计的空气分布器及干燥室，通过控制雾滴和颗粒的流动图形，得到室壁清洁的条件。

       在系统中，干燥空气进入干燥室以前，先预过滤后进入加热器，加热到设计温度，再通过完全过滤器。过滤的水溶液料液，再通过一个没有菌的过滤器后，进入雾化器。一般情况下，采用压力式雾化器。如果压力式喷嘴不能适应粉体颗粒尺寸要求时，可以使用二流体喷嘴，此时雾化空气要预过滤，然后再经过完全过滤器过滤。

       为了避免大气可能漏入到发酵液喷雾干燥设备系统，干燥室和同产品接触的部件，都要保持微正压，通过采用一个风机操作的流程来实现。

       同产品接触的部件表面，越光滑越好，因此，表面需要抛光。比如焊缝、视镜及门的周围，由于一个变形和裂缝，都可能形成沉积产品的区域。

       发酵液喷雾干燥设备的金属和非金属的结构材料，都需要进行杀菌。